L'oscurità è presente nella scena quasi a voler sottolineare il momento cupo in cui il carnefice estrae il pugnale per staccare la testa del Battista. I protagonisti partecipano con distacco all'evento in una atmosfera cupa e soffocata. Il momento culmina nel dramma con san Giovanni riverso per terra con le mani legate dietro la schiena. E' morto per non essere sceso a compromessi con la sua coscienza. Il collo è squarciato e sgorga il sangue. Il carnefice lo afferra per i capelli mentre con il coltello è pronto a recidere del tutto la testa.
A destra si vede la corda che fino a qualche istante prima lo teneva imprigionato. Dietro la finestra, altri 2 carcerati assistono all'omicidio. Nel quadro, la firma del pittore ha un qualcosa di unico, infatti, viene eseguita tracciando il nome con il sangue che sta sgorgando dalla gola del Santo
La violenza è stata perpetrata, il collo sta sanguinando e nel sangue è vergata l'unica firma di Caravaggio che mai sia comparsa su un suo dipinto. San Giovanni è disteso e le quattro figure - il carnefice e i tre astanti - sono posizionate con un preciso ritmo compositivo simmetrico.
La scena è inquadrata a lato di quella che sembra una qualsiasi strada del tempo, che resta in ombra rispetto al cono luminoso che evidenzia l'atto del martirio