Era sorto fra cattolici ed evangelici una controversia a partire dall'opposta lettura del passo della Genesi 3,15 riguardante l'atto di schiacciare il serpente che i cattolici riferivano a Maria e i protestanti alla sua stirpe, cioè a Cristo. Caravaggio risolve la diatriba dipingendo il bambino che appoggia il piede su quello della madre.
Era passato solo un anno da quando Maddalena Antognetti aveva posato per la Madonna di Loreto. Se pur non così bella è statuaria come allora, era diventata se possibile, più viva e più vera. Il figlio Paolo, compiuti ormai i tre anni, interpreta Gesù, e la nonna Lucrezia ( madre di Antonietta ) prestava le sue righe e la posa di anziana al volto di sant'Anna. Il quadro fu dipinto in pieno inverno e vide tre generazioni per un ritratto di famiglia