Subito dopo i civili, in Giappone cominciarono ad arrivare anche missionari (Gesuiti, francescani e domenicani), tra i quali san Francesco Saverio giunto nell'arcipelago nel 1549. I frati ricevettero all'inizio una buona accoglienza. L'indole aperta in fatto di religiosità dei giapponesi, ebbe come conseguenza la conversione di moltissimi al cattolicesimo, inaugurando quello che è noto come il secolo cristiano del Giappone.
Tra le molte iniziative intraprese dai missionari, la fondazione di una scuola di pittura. Le immagini sacre che si produssero, destinate al culto locale e spesso racchiuse entro tabernacoli in legno, rappresentano il primissimo approccio dei giapponesi all'arte europea, a certe sue tecniche (l'uso dei colori a olio) e a certi artifici (chiaroscuro e prospettiva), fino allora estranei all'arte figurativa dell'arcipelago.
Tra i maggiori responsabili di questo successo evangelico vi fu il Teatino Alessandro Valignano, al quale si deve l'organizzazione della prima missione diplomatica giapponese in Europa. Gli ambasciatori, membri di importanti casate, nel 1585 visitarono la Spagna e l'Italia per raggiungere infine Roma dove furono ricevuti dal Papa. L'evento fu epocale (mai prima di allora gli europei avevano visto un giapponese).